在南京地理與湖泊研究所早期的湖泊摸底中，研究人員發現，受氣候等因素影響，中國西部和北方地區湖泊總體呈萎縮消亡態勢且水質咸化、堿化十分嚴重；而東部地區，特別是長江中下游地區，入湖污染物引起的湖泊水環境惡化現象嚴重。

2007年，太湖爆發了藍藻水華事件。水華事件的發生不僅使公眾飲用水受到污染，更是對湖泊生物造成了嚴重影響。經過長時間研究，研究所初步揭示了太湖藍藻水華形成過程。這為藍藻水華防控、預警奠定了基礎。此外，中國對于水華治理取得初步成功，也吸引了韓國、美國等國專家前來交流。截至目前，太湖尚未再次發生大面積水華事件，但中科院太湖湖泊生態系統研究站秦伯強坦言，太湖藍藻問題目前還無法根治。同時，他也表示，盡管在控源截污上做出了不少努力，但面對農村分散的面源污染，藻類回收仍是難題。藻類干化、如何產生經濟效益等問題還需要進一步突破瓶頸：“控源截污我們做了很多工作，但我們還面臨的我們做了很多農村面源污染，分散的污染很難處理，現在這個量很大，所以生態系統很難在短時間內很快恢復。藍藻水華預計還會爆發，但打撈是沒有辦法的辦法，但我們還是鼓勵，畢竟把氮、磷污染物取出來了。現在還面臨就是怎么處置問題，現在的技術瓶頸就是干化，干化后做肥料、可降解添加物也好都可以處理。特別是還要把成本降下來，只要是經濟上有利可圖的時候才成為資源化，但現在還需要研究。”

眾所周知，長江中下游是“魚米之鄉”。人口稠密，經濟發展快，對水體的污染也比較嚴重。朱廣偉指出，水污染治理要靠政府、企業和老百姓共同努力。他還表示，政府可以細化排污標準，從而推動生態修復的進一步加快，“在一些國家，比如日本的琵琶湖，它要求盡可能提高標準、盡可能嚴格。對重要水體要大大嚴于國標。我們過去有種誤解，認為達到國標了剩下的出了問題就是政府沒管好。但是國標實際上是最低標準，國標就是在這個地方能實現，在貴州、新疆也能實現。就要設置地方標準，而且要嚴于國家標準。在琵琶湖流域的污水排放標準比國標嚴10倍。像美國在第一批治湖的時候，要求排放的磷幾乎測不出來。”