生態浮島的植物選擇應遵照如下原則：①適宜水培條件生長的多年生水生植物；②具有耐污、抗污和有較強凈化能力；③根系發達、繁殖能力強，生長快、生物量大；④景觀效應好。浮島植物的選擇及其組合還要考慮季節搭配，使其在不利的季節（如冬季）條件下仍具有一定的凈化效果和景觀效應。

提高覆蓋率雖然對凈化水質有利，但覆蓋率過高將影響水體的景觀效果和使用功能，而且植物在夜間的呼吸作用隨著覆蓋率的增加而加大，最終導致植物在夜間消耗過多的溶解氧，造成水體周期性缺氧。工程應用中，生態浮島覆蓋率要根據水體污染水平和凈化要求、水體規模和使用功能（行船、泄水、景觀）等情況來確定。

又如為了解決單元型浮島浮力問題以及結構強度，現在廣泛使用的吹塑加氣型浮島，由于安裝簡單，成型方便，得到了很好的發展和應用。但根據作者長期跟蹤發現：盡管有些浮島添加了抗氧化劑和抗紫外助劑，但大多在2—3年后會出現大面積的脆化漏水及損壞等情況。特別是沿海地帶，采用扣釘方式容易出現植物倒伏問題。在水質凈化方面由于種植面較小，第三年，甚至第二年，就出現植物生長受抑制的問題。

浮床安裝在水中，因此其管理和維護只能在船上進行，操作難度高、工作量大、費用不菲。不過也有環保公司開發出了易管理維護的浮床結構，如浮田型生態浮島，植物根系和浮島材料可溶為一體，植物根系盤根錯節，相互牽拉，使浮床浮力超強，可載人。且材料本身為中空管狀結構，能夠形成很好的水體微動力循環，最終形成密實的僅有植物根系的生物質浮床，模塊化結構使施工安裝非常簡單便捷，且其一體式結構有效保障了浮田抗風浪能力。