隨著我國工業化建設的不斷推進，水污染形勢日趨嚴峻。相比于城鎮污水處理設施較為完善而言，農村污水處理設施的建設相對滯后。建設部《村莊人居環境現狀與問題》調查報告顯示：96%的村莊沒有排水渠道和污水處理系統，生產生活污水隨意排放，由此造成農村河流普遍遭到污染，嚴重威脅地下水，甚至有的淺層地下水已經遭到污染，不能取用。

由于農村生活污水處理設施在規模、技術及運行管理方面與城鎮污水處理設施存在較大差異，因此農村地區的污水排放不宜完全按照城鎮污水處理廠污染物排放標準執行，亟需制定適合農村實際情況的農村生活污水排放標準。而標準不明，直接影響具體技術路線的選擇。

村鎮等農村聚居點因缺乏規劃和環境管理滯后造成污染。國家只重視編制城鎮總體建設規劃，忽視了與土地、環境、產業發展等規劃的有機聯系。“目前我國的環境管理體系主要是建立在城市和重要點源的污染防治上，農村污染治理體系尚未建立。而鄉鎮政府財力不足、缺乏必要的扶持政策，這些都是農村環境管理滯后的原因。”陳呂軍說。

農村生活污水處理是改善農村水環境的重點。然而無論是在約束規范還是在污水處理管理體系的建立以及污水處理設施的建設上，農村地區始終是“老大難”。我國的環境管理體系以城市污染和工業污染防治為目標而建立，目前針對農村的環境管理還存在管理機構匱乏、環境保護職能權限分割與污染性質不匹配、沒有基礎的環境監測和統計工作等一系列問題，這些讓解決農村污水治理問題難上加難。

農村經濟水平相對落后，大多數地區的鄉鎮財政難以承受建設及運行費用，而污水處理作為一項公益事業恰恰需要大量的資金投入。農村地區所采用的分散型污水處理由于規模小的特點也難以市場化，對企業及社會資金缺少吸引力，因此其境遇可以說是進退維谷，急需相關的政策支持。

我國農村人口較少，分布廣泛且分散，大部分沒有污水排放管網。農村生活污水濃度低，水中基本不含有重金屬和有毒有害物質，但不排除隨著人們生活水平的提高，部分生活污水中可能含有重金屬和有毒有害物質。同時，農村污水含有一定量的氮、磷，水質波動大，可生化性強，不同時段的水質又有所不同，適合采用分散式處理。分散污水處理工藝大致可分為兩類：一是利用土壤作為處理載體和排放載體的自然處理系統，包括突然快速滲濾、慢速滲濾、地下滲濾和人工濕地等。二是利用復雜的生物和物理過程的傳統處理系統，以各種池體、水泵、鼓風機和其他機械作為一個處理整體，這些處理包括微生物的懸浮生長、附著生長以及二者混合的形式。在實際的農村污水處理應用中常常是綜合利用上述兩類處理工藝。

相較于農村污水排放標準和技術選擇，建立長效運營機制則顯得更為重要，不能把農村環境整治設施建設作為面子工程來對待。他反復強調：“農村污水的治理，不僅要看地上，更要看地下，對農村污水治理的首要問題是管網的建設。”有數據顯示，2014年1月~5月農村污水管網建設項目約45個，累計鋪設管網500公里，總投資約1.1億元，約占期間污水處理總投資的34%。建議設置農村分散型污水處理專項基金，用于設施的建設和運行。國家和各級地方政府可以出臺稅收、征地等一系列支持政策鼓勵企業和社會資金的投入。地方各級政府可將處理設施對污染物的減排量納入重點水污染物排放總量控制指標要求，把農村生活污水污染物排放量納入排污權交易體系，為處理設施的建設運行籌集資金。

一些村鎮通過集中整治建設了污水處理設施，但不久便出現了設施閑置破損、雜物亂堆亂放、垃圾污水依然存在的問題，原因就是沒有建立管護長效機制。陳呂軍認為，新農村建設三分在建，七分在管。村莊供排水、污水治理等公用設施的運行管護，要做到有制度、有資金、有人員，要積極探索建立管護經費保障制度，建立管護隊伍，確保治污成果能持續發揮作用。

我國96%的村莊沒有排水渠道和污水處理系統鄉鎮企業廢水COD等主要污染物排放量已占工業污染物排放總量的50%以上，污染物處理率也顯著低于工業污染物平均處理率2014年1月~5月農村污水管網建設項目約45個，累計鋪設管網500公里，總投資約1.1億元，約占期間污水處理總投資的34%。