水環境保護事關人民群眾切身利益，事關全面建成小康社會，事關實現中華民族偉大復興中國夢。當前，我國一些地區水環境質量差、水生態受損重、環境隱患多等問題十分突出，影響和損害群眾健康，不利于社會經濟持續發展。

為全面改善水環境，2015年4月，我國出臺《水污染防治行動計劃》，為我國“十三五”直至2049年的水環境管理提出了總體目標、工作目標和考核指標。

2015年9月印發的《生態文明體制改革總體方案》中，提出了“樹立山水林田湖是一個生命共同體的理念，按照生態系統的整體性、系統性及其內在規律，統籌考慮自然生態各要素、山上山下、地上地下、陸地海洋以及流域上下游，進行整體保護、系統修復、綜合治理，增強生態系統循環能力，維護生態平衡”的理念，這與國際上普遍采用的流域水環境管理的理念一致，也為我國水環境管理提出了指導理念。

歐美等國在20世紀80年代已經建立了流域管理的分區方案，并圍繞著分區構建了水環境管理體系。但我國沒有一套針對流域進行的管理分區方案，已有的區劃由于不能很好的建立陸域自然地理要素和環境壓力與水環境質量的關系，不能滿足水環境質量的改善，因此基于流域的水生態環境功能分區體系是支撐我國《水污染防治行動計劃》實施，支撐生態文明體制構建的重要保障。

流域水生態環境功能區是以流域為對象的水陸一體化管理單元，是流域生態系統健康保護的基礎。流域水生態環境功能分區體系方案是《水污染防治行動計劃》明確提出的相關工作任務，是落實“山水林田湖”生命共同體管理的基礎，是實現單一水質目標管理向水生態管理、目標總量控制向容量總量控制轉變的重要手段，對于實現國家水環境管理轉型具有重要的意義。

從2008年起，環境保護部在國家水體污染控制與治理科技重大專項中，開展了流域水生態環境功能分區技術的研究工作，并在“十一五”和“十二五”課題中進行專項研究。

中國環境科學研究院水環境研究所研究員張遠介紹，“十二五”期間，在“流域水生態保護目標制定技術”、“重點流域水生態功能三級四級分區研究”等課題支撐下，研究人員提出了水生態空間異質性分析、河流分類、水生態功能重要性評價、河流健康評價、保護目標制定等技術方法，形成了流域水生態功能分區技術方法體系，提出了水生態功能區環境管理目標體系，并在松花江、遼河、海河、淮河、黑河、東江、贛江7個河流型流域，太湖、巢湖、滇池、洱海4個湖泊型流域進行了流域水生態功能分區示范，明確了各功能區水生態環境保護目標和管理目標，為重點流域水生態功能保護與修復提供了技術支撐。

在水專項重點流域水生態功能分區研究的基礎上，2015年環境保護部組織中國環境科學研究院、環境保護部環境規劃院、環境保護部衛星環境應用中心等研究院所、大學及公司共13家單位，完成了全國流域水生態環境功能分區方案，共將全國劃分為338個二級區，1815個三級區，明確提出了流域管理的邊界，識別了流域水生態環境主導功能，評價了水生態環境質量狀況，提出了三級區水環境質量管理考核指標和目標；研究成果被環保部用于《水污染防治目標責任書》和《重點流域水污染防治“十三五”規劃》編制，為我國“十三五”和未來的水環境管理提供了水生態、水環境管理考核支撐。

在2015年12月4日召開的專家鑒定會上，與會專家認為流域水生態環境功能分區管理體系是在借鑒發達國家先進流域環境管理經驗的基礎上，提出了滿足我國生態文明建設、水污染防治行動計劃實施的流域管理方案體系，填補了我國流域水環境管理的空白，體現了水功能區、生態功能區和主體功能區等在流域單元上的落實，可應用于我國流域水污染防治規劃、流域生態環境監測體系構建、流域考核等環保部管理工作中，有利于我國流域水環境質量的提升，建議在地方加大推廣應用實施力度。

與此同時，張遠建議，在全國水生態功能分區的基礎上，要進一步完善流域水生態系統健康評價方法，實施全國水生態系統健康評估，建立流域生態空間管控制度，盡快整合水資源管理與水環境保護的總量控制要求，實施基于水生態環境功能保護的排污許可管理制度，轉變我國水環境管理模式，建立和健全基于水生態功能分區的流域水環境管理的法律政策體系及其實施機制，積極推進水生態功能分區在環境管理中的推廣應用。