流動的水域如果被污染了，如何來劃分沿線各地的責任以及讓他們為污染行為做出相應的賠償呢？江蘇此前已經在太湖及淮河流域進行了水環境區域補償的試點，10月1日起，江蘇將這一制度在全省范圍內進行了推廣。今后，所有市、縣地方政府對轄區內重點水域造成污染的需付出相應的代價。江蘇也成為全國首個水環境區域補償全境覆蓋省份。

2007年五六月間，江蘇的太湖爆發嚴重藍藻污染。同年，江蘇省提出要逐步實施環境資源區域補償制度。2009年，率先在太湖流域試點水環境資源區域補償機制，在5個市的上下游水域的交界點設置了30個斷面，考察這些斷面水質中的化學需氧量、氨氮、總磷3個污染指標。只要超過規定的標準，上游城市就要向下游城市或省財政支付相應數額的補償金，用經濟手段來倒逼當地政府進行水污染治理。

試點取得了顯著成效。2013年，太湖流域化學需氧量、氨氮、總磷3項指標(年均濃度)分別較2009年下降了11.5%、36%、20.8%。隨著水質的改善，補償金總額也逐年降低，2009年為2.4億元，2013年下降到0.26億元，僅為2009年的十分之一。2010年起，水環境資源區域補償機制又在通榆河流域進行試點，3年內氨氮(年均濃度)幾乎下降了一半，補償金總額也下降明顯。

在試點的基礎上，江蘇省確定今年起建立全省統一的、覆蓋各重點流域、水質目標要求更高的水環境資源區域補償制度，涵蓋太湖、長江、淮河流域、南水北調和通榆河干線以及入干線的主要支流上重要的跨界斷面，以及入江入湖入海或出省斷面，共計66個補償斷面。并在全國率先實行“誰達標、誰受益，誰超標、誰補償”的原則，變單向補償為雙向補償，即當斷面水質超標時，由上游地區對下游地區予以補償；當水質達標時，由下游地區對上游地區予以補償。

江蘇省環保廳流域處處長程煒介紹說，“此次全省試行的辦法，根據流域治理形勢需要，全省所有區域補償斷面考核因子均確定為高錳酸鹽指數、氨氮、總磷3項。無論哪項不合格，則以考核因子‘超標倍數×補償基數’核算補償資金，補償給下游。水質超標0.5倍以下(含0.5倍)的，月補償基數為25萬元；水質超標0.5倍以上、1倍以下(含1倍)的，月補償基數為50萬元；水質超標1倍以上的，月補償基數為100萬元。而當補償斷面水質各考核因子均達標時，下游給上游的月補償標準為20萬元。”

以南京為例，新列入區域補償斷面的有滁河上的滁河閘、外秦淮河上的三汊河口、十里長溝上的化工橋，3個都是入江口，現有水質為劣五類，考核的標準要求達到四類到五類，專家推測，南京第一年的污染補償金預計要達到6000萬元。