1988 年的國會決議，將圣佩德羅河流大約65km范圍之內的地區，包括與墨西哥接壤的一些地區設為自然保護區。但是設立自然保護區的決議并沒有將禁止地下水的開采納入其保護范圍。這可是威脅這條河流的主要因素。更為矛盾的是,在圣佩德羅河流域棲息的野生生物及其優美風光吸引著人們到此聚居和旅游, 但是此類行為的無節制增長又同時給圣佩德羅河帶來巨大的環境壓力。

1998 年成立了“圣佩德羅河河流恢復項目組”,目標是:確定和優化可實施的綜合性政策和方案, 以保證菲尼克斯市和該河上游的用水需求。項目組最主要的任務是保證有足夠和長期的地下水補給, 以滿足河流自然保護區和兩岸居民的用水。項目組由20 多個機構聯合組成,包括聯邦自然環境保護署、瓦丘卡堡軍事基地、菲尼克斯市政當局和美國土地管理局等。項目組為河流的恢復制定了具體的實施步驟和可行措施。

這些措施包括：對圣佩德羅河附近污水進行處理和建設地下水交換工程，建筑蓄水坑塘滯蓄雨水和多余的地表徑流，并使之回歸到圣佩德羅河，廁所節水項目、咨詢項目以幫助居民確定如何節約日常用水。華蘇克城正與華蘇克軍事基地合作處理華蘇克城市的污水，并且將處理后的污水注入地下，以彌補地下水水源的不足。處理后的污水述可用于高爾夫球場和廣場的灌溉等。

美國自然資源保護局、瓦丘卡堡軍事基地和美國土地管理局準備與土地擁有者進行類似的合作項目。自2002 年以來,項目組與墨西哥圣佩德羅河管理部門聯合組織有關利益相關方、政府代表、當地銅礦企業代表、律師和居民, 就圣佩德羅河的水質和水量分配問題舉行了4 次大型會議。圣佩德羅河河流恢復項目組現在被稱為圣佩德羅河雙邊合作伙伴,下設3 個專業委員會, 兩國為尋求圣佩德羅河將來的發展而進行對話。

最新研究表明,即使滿足了人口控制和用水限制要求, 也不能阻擋地下水的減少和圣佩德羅河的衰退, 影響該河流衰退最明顯的因素是農業用水和城市化發展。墨西哥境內圣佩德羅河兩岸人口的增長和美國華蘇克軍事基地人類活動對該河的影響和破壞，要比農業和城市化的影響破壞程度小。

2003 年11 月，美國總統簽署的“自然保護授權行動”，包括了對華蘇克軍事基地的保存和維護，不僅要求華蘇克軍事基地對圣佩德羅河岸城鎮居民用水負責，而且還對該河的生態保護負責。該措施有利于加強圣佩德羅河流恢復項目組的合作協調，并保護當地的地下水不被過度開采。該行動方案要求圣佩德羅河合作伙伴每年向國會提交工作報告，并要求工作報告對圣佩德羅河地下水狀況進行專門匯報。

該地區經濟發展的速度并沒有變緩的跡象，這種經濟的高速發展將增加對地下水的需求。但是為了保證圣佩德羅河有充足的地表水注入該河，地下水一定要保護好。然而，僅靠社會某一個實體是很難保證的，圣佩德羅河流恢復項目組的協調合作方式在將來還會發揮更加重要的作用。